Diseñado por el arquitecto Juan de Castillo bajo órdenes del rey Manuel I de Portugal, este monasterio para monjes jerónimos se empezó a construir en enero de 1501 y se terminó a finales del siglo XVI, la primera etapa, bajo la dirección de Diogo Boitaca, para celebrar el afortunado regreso de la India de Vasco de Gama. Los fondos salieron de un 5% de los impuestos sobre las especias orientales, a excepción de los de la pimienta, la canela y el clavo, que eran para el rey. Y se hizo justo donde se encontraba la Ermida do Restedo, donde Vasco de Gama y los suyos rezaron antes de partir. Su estilo es manuelino, mezcla de gótico y renacentista con elementos propios como el uso de los cordones, muchos elementos vegetales y otras influencias islámicas y orientales.
El claustro es grande y espectacular, con gárgolas como canalones y puntas estilizadas en los contrafuertes. Tan grande que en el siglo XIX, tenía una fuente central y un estanque que la rodeaba (pueden verse grabados en tiempos en que fuera hospital de ingleses). Está cargado de elementos vegetales. En una capilla está la tumba de Pessoa. En un momento de lluvia fuerte, es impresionante ver como de las bocas de esos extraños animales, sale un chorro bravío de agua. Una de las puertas da al coro de la Catedral. En sus columnas vemos extraños animales apocalípticos: cabrones con cabeza y pechos de mujer y alas, cuadrúpedos con pico o alas. Eva desnuda coge la fruta prohibida, que no es una manzana, de un árbol, sentada en sus raíces, al lado de la irascible serpiente.
El claustro de los Jerónimos tiene la piedra limpia, casi curtida, como si fuera piel. En uno de sus laterales está el monolito en homenaje al poeta de la melancolía. Saramago camina con lentidud por entre las arcadas..., «no sé que hacen otros hombres para conquistar a una mujer... Yo a Pilar, la traje aquí».La Catedral es de una sola nave altísima, con el techo nervado sujeto por columnas delgadas y estilizadas llenas de vegetales, parece una selva petrificada llena de lianas. En los troncos encontramos animales raros, mujeres con cuatro patas y rabo, una mujer presa, desnuda y paticorta (que yo arreglo para mi propio regocijo), el perro de Hades de cuatro cabezas, manos cosechando, cabezas boca abajo... un auténtico entretenimiento para llenar el cuaderno. De la nave salen diversas capillas, en su mayoría neoclásicas. En una ellas está la tumba vacía del Rey Sebastiâo apoyada sobre dos elefantes veteados verdes y, bajo el coro, Luís de Camôes y Vasco de Gama en sendas camas de piedra.
El ala izquierda, neomanolina, construida en 1850, es el Museo de Arqueología y en el extremo hay dos altas y delgadas torres que enmarcan la entrada al Museo de la Marina.
